Na základě rozkazu policejního prezidenta ze dne 28. 3. 2013 byl zřízen pracovní tým Metoda pachové identifikace, který měl za úkol identifikovat hrozby aplikační praxe metody pachové identifikace v Policii ČR a navrhnout doporučení, díky kterým by mělo dojít ke zdokonalení této metody. Pracovní tým vytyčil tato rizika:
Nejednotnost: Nejednotnost nesmí být chápána jako požadavek absolutní jednoty ve všech detailech metody pachové identifikace, nýbrž jako požadavek zakotvení společných podmínek a pravidel, která zajistí její maximální spolehlivost tak, aby nemohly být zpochybňovány její výsledky. Nejednotnost je spatřována například ve způsobu přepravy pachových konzerv či jejich skladování, odběru otisku pachové stopy či pachového vzorku osoby (ačkoli je tento postup upraven interním předpisem), v písemných výstupech a dokumentaci nebo v odborném vzdělávání osob. Doporučením ke zlepšení by bylo zejména vhodným způsobem zajistit dodržování standardů v rámci celé Policie ČR, vzdělávací aktivity a důslednou kontrolu dodržování.
Způsob provádění komparace: Toto riziko naráží na zpochybnitelnost samotného porovnání a možnost napadení validity odborných vyjádření u soudu z důvodu způsobu jeho provádění. V době vzniku této závěrečné zprávy totiž ještě nebyl v platnosti nový pokyn policejního prezidenta č. 313 ze dne 28. 12. 2017, o pachové identifikaci osob, který zakotvil povinnost rozmístění⛘pachových konzerv expertem, tedy nikoli psovodem, jak tomu bylo u úpravy předchozí. Osobně se tedy domnívám, že tento bod už nepředstavuje v současné době hrozbu pro aplikační praxi.
Dodržování stanovených postupů při práci na místě činu: Správný postup při snímání otisku pachové stopy či odběru pachového vzorku osoby je klíčový – jeho nedodržení má za následek absolutní ztrátu důkazu. Je tedy nezbytné policistům umožnit získat dostatečné znalosti a dovednosti k tomu, aby byly uplatňovány správné postupy při zajišťování stop na místě ohledání, a tím pádem mohly sloužit k dokazování. Zlepšení v této oblasti by bylo možné dosáhnout například adekvátní odbornou přípravou a důsledným ověřováním znalostí policistů či určení jediného vedoucího pracovníka na místě ohledání, který bude garantovat správný postup a ručit za jeho výsledek.
Legislativně-právní oblast a interní normativní úprava: Zde je jako problematické spatřováno zejména oddělení úpravy metody pachové identifikace od komplexní úpravy metod kriminalistické techniky, kvůli které policejní i justiční osoby vnímají pachové stopy jako oddělenou a nerovnocennou oblast kriminalistické techniky.
Komunikace: Tento bod naráží zejména na nemožnost pravidelného setkávání specialistů za účelem výměny informací a zkušeností z vlastní praxe, dále také absence vnější komunikace, tedy například seznamování státních zástupců a soudů se standardy provádění metody pachové identifikace, se způsoby jejich dodržování, a nakonec také spolupráce s vědeckým výzkumem a policejními sbory Evropské unie za účelem výměny zkušeností. Komunikaci by bylo možné zlepšit zejména posílením spolupráce s externími subjekty prostřednictvím centrálního metodického pracoviště či přenos stanovisek policie na ostatní orgány činné v trestním řízení a zajištění systematické externí komunikace.
Četnost srovnání: Závažným problémem je vysoký nárůst dožádání o provedení porovnání a vypracování odborného vyjádření. Toto má za následek zvýšení nákladů jak materiálně-technických (například skladování, sterilní pomůcky), tak na lidské zdroje a v neposlední řadě též veliké vytížení specializovaných pracovišť, jejich pracovníků a psů. To vše vede ke snížení kvality práce a zvýšení chybovosti metody. Řešením tohoto problému je dosažení žádoucí úrovně zátěže specialistů, a to zásahem do kapacity práce specialistů (například přijetí zaměstnance na doplňkové činnosti, navýšení počtu psovodů, zřízení dalších pracovišť) a do regulace objemu odebíraných vzorků (například zvýšením odbornosti kriminalistických techniků, kterým by se omezila jejich nekvalitní práce na místě činu, a tedy nadměrné snímání otisků pachových stop).
Oblast vzdělávání: Tento bod upozorňuje na nedostatečnou odbornost subjektů, která má vliv na chybné a neefektivní porovnání, a dále také na nejednotnost výcviku psů. Odstranění tohoto nedostatku bude spočívat v definici a následné implementaci standardů, přezkumu jejich dodržování a zajištění vzdělávacích aktivit.
Doplňkové činnosti: Specialisté na metodu pachové identifikace jsou značně zatíženi doplňkovými činnostmi (například sterilizace pomůcek, administrativa), kterými ztrácejí čas vynaložený na hlavní náplň jejich činnosti, tedy porovnání a výcvik služebního psa. Problém nadměrné administrativy by mohl být vyřešen přijetím administrativního pracovníka.
Předtím, než začal být účinný současný pokyn, kterým je upravena metoda pachové identifikace, byla tato metoda podrobena mnohé kritice ze strany odborníků. Skupina odborníků, jejichž součástí byli například Ing. Ludvík Pinc, Ph.D., Ing. Milena Santariová, Ph.D., prof. PhDr. Jiří Straus, DrSc., či prof. RNDr. Štěpán Urban, CSc., vydala a podepsala prohlášení, které zaslala Ústavnímu soudu v souvislosti s ústavní stížností, o níž bylo rozhodnuto nálezem Ústavního soudu z 15. 2. 2022, sp. zn. IV. ÚS 2773/20. Prohlášení bylo soudu zasláno v následujícím znění: „My níže podepsaní zástupci vědecké odborné veřejnosti prohlašujeme s plnou zodpovědností, že metoda pachové identifikace tak, jak byla prováděna Policií ČR na území České republiky do 1. 4. 2018 je z vědeckého hlediska zcela nevěrohodná. Postup, kdy je psovod dopředu informován o pozici jednotlivých vzorků, odporuje aktuálním vědeckým poznatkům. V tomto ohledu panuje naprostý názorový soulad, a to nejen v relevantní komunitě české, ale i mezinárodní. V případě potřeby jsme připraveni poskytnout potřebné informace soudům, státním zastupitelstvím, policii, i obhájcům.“ Nejen toto prohlášení nakonec přispělo k rozhodnutí Ústavního soudu o zrušení rozhodnutí obecných soudů, která byla založena na důkazu metody pachové identifikace prováděné za účinnosti dřívějších interních předpisů.