Jde-li o vyhrazené stavby, stavby s nimi související a stavby tvořící s nimi soubor staveb, bude se v jejich případě postupovat podle § 334a odst. 3 věty druhé StavZ v přechodném období již podle StavZ s tím, že i pro tyto stavby bude jako podklad pro vydání povolení záměru vydáno závazné stanovisko podle § 96b StavZ 2006. Další výjimku z aplikace StavZ tvoří část VII StavZ, která upravuje informační systémy veřejné správy na úseku stavebního zákona, a některá konkrétní ustanovení StavZ, která se váží na digitální systémy stavební správy.
Zákonodárce tak v přechodném období fakticky pro vyhrazené stavby vyloučil ze StavZ aplikaci části III (Územní plánování), části VII (Informační systémy veřejné správy) a vyjmenovaných ustanovení části VI (Stavební řád), která se týkají možnosti elektronických podání vůči stavebním úřadům. Všechny ostatní části se na povolování vyhrazených staveb plně použijí.
Vyhrazené stavby proto budou povolovány nově zřizovaným Dopravním a energetickým stavebním úřadem, a to v jednotném povolovacím procesu podle StavZ, v rámci řízení o povolení záměru, které vychází z principů dnešního společného územního a stavebního řízení. Zde je však nutné upozornit, že i v případě vyhrazených staveb se uplatní přechodná ustanovení StavZ, zejména § 330 StavZ. Předně podle § 330 odst. 1 StavZ platí, že řízení a postupy zahájené přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona se dokončí podle dosavadních právních předpisů. Jinými slovy, řízení podle StavZ 2006, která se týkala staveb, které by bylo možné podle StavZ označit jako vyhrazené, se dokončí podle právní úpravy StavZ 2006. To znamená, že např. zahájené územní nebo společné územní a stavební řízení týkající se stavby dálnice jako typické vyhrazené stavby, která je dnes povolována v režimu podle StavZ 2006 ve spojení s liniovým zákonem, bude dokončeno podle těchto právních předpisů.⛘
Jde-li o následně vydané územní rozhodnutí, bude podle § 330 odst. 6 StavZ sloužit jako rozhodnutí v části věci, které bude podkladem pro povolení záměru vyhrazené stavby podle StavZ. V oblasti procesní se tak jedná o klasické přechodné ustanovení obdobné přechodnému ustanovení v § 190 odst. 1 StavZ 2006.
Přestože v procesní rovině jde o poměrně tradiční přechodné ustanovení, musel StavZ reagovat poměrně podrobněji na změnu v institucionální struktuře stavební správy, zejména na vznik Dopravního a energetického stavebního úřadu, který bude výlučně povolovat vyhrazené stavby, stavby s nimi související a stavby tvořící s nimi soubor staveb.
StavZ v § 330 odst. 3 větě první sice zakotvuje v obecné rovině pravidlo, podle něhož řízení a postupy zahájené přede dnem nabytí účinnosti StavZ dokončí stavební úřad, který se stal příslušným k vedení řízení a provedení postupu podle StavZ, nicméně ve větě druhé stanoví zvláštní pravidlo právě pro vyhrazené stavby, resp. stavby s nimi související.
Územní řízení zahájené přede dnem nabytí účinnosti StavZ týkající se vyhrazené stavby nebo stavby s ní související dokončí stavební úřad, který toto řízení vedl přede dnem nabytí účinnosti StavZ. Stavební řízení zahájené přede dnem nabytí účinnosti StavZ týkající se stavby související s vyhrazenou stavbou dokončí stavební úřad, který toto řízení vedl přede dnem nabytí účinnosti StavZ. Společné územní a stavební řízení zahajené přede dnem nabytí účinnosti StavZ týkající se stavby související s vyhrazenou stavbou dokončí stavební úřad, který se stal podle StavZ příslušným k vedení řízení o povolení vyhrazené stavby, je-li vyhrazená stavba stavbou hlavní, v ostatních případech dokončí řízení stavební úřad, který toto řízení vedl přede dnem nabytí StavZ.
Jinými slovy, jde-li o územní řízení, dokončí tato řízení často krajský úřad jako úřad příslušný k vedení řízení podle liniového zákona.
Poslední věta § 330 odst. 3 StavZ sice navazuje na větu první v tom, že řízení zahájená před nabytím účinnosti StavZ dokončí stavební úřad, který se stal příslušným k vedení řízení podle tohoto zákona, nicméně obdobně, jako tomu je v § 334a StavZ, dochází zde k zaměňování pojmů stavba související a soubor staveb. Ustanovení § 330 odst. 3 věty poslední StavZ stanoví:
„Společné územní a stavební řízení zahájené přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona týkající se stavby související s vyhrazenou stavbou uvedenou v příloze č. 3 k tomuto zákonu dokončí stavební úřad, který se stal podle tohoto zákona příslušným k vedení řízení o povolení vyhrazené stavby uvedené v příloze č. 3 k tomuto zákonu, je-li vyhrazená stavba stavbou hlavní, v ostatních případech dokončí řízení stavební úřad, který toto řízení vedl přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona.“
Cílem výše cit. ustanovení je zjevně vyjádřit, že pokud jde o související stavbu se stavbou vyhrazenou, tedy stavbu, která věcně a funkčně souvisí s provozem vyhrazené stavby, ale která je dnes povolována v samostatném řízení stavebním úřadem odlišným od stavebního úřadu, který povoluje vyhrazenou stavbu, dokončí toto řízení Dopravní a energetický stavební úřad. Dovětek „je-li vyhrazená stavba stavbou hlavní…“ je v tomto kontextu neaplikovatelný, neboť u staveb souvisejících s vyhrazenými stavbami nelze rozlišovat, zda je, či není vyhrazená stavba stavbou hlavní; z logiky věci, pokud nějaká stavba souvisí s vyhrazenou stavbou (věcně a funkčně s vyhrazenou stavbou souvisí, nikoliv však časově), je vyhrazená stavba v tomto smyslu vždy stavbou „hlavní“.
Stejně tak není možné aplikovat dovětek § 330 odst. 3 věty poslední StavZ „v ostatních případech dokončí řízení stavební úřad, který toto řízení vedl přede dnem nabytí účinnosti tohoto zákona“, kterým se zřejmě chtělo vyjádřit, že není-li vyhrazená stavba stavbou „hlavní“ ve vztahu ke stavbě související, dokončí řízení stavební úřad, který vedl řízení před nabytím účinnosti StavZ.
Celou situaci lze proto shrnout tak, že jde-li o společné územní a stavební řízení u stavby, kterou lze ve smyslu StavZ považovat za stavbu související s vyhrazenou stavbou, dokončí toto řízení Dopravní a energetický stavební úřad.